La historia se centra en Takigawa Yoshino y su amigo Fuwa Mahiro, un adolescente cuya hermana fue asesinada misteriosamente hace un año. Mahiro desaparece, ya que decide investigar el caso de su hermana asesinada, por otro lado Yoshino es acorralado por una mujer llamada Evangeline, investigando sobre el paradero de su amigo Mahiro, ya que en los lugares donde Mahiro aparecía, ocurría una epidemia, sin embargo, Mahiro aparece para ayudar a su amigo y a su vez le explica la situación. Mahiro fue contactado por Kusaribe Hakase, una maga que se encuentra en una isla desierta de la que no puede salir, ya que se opuso a los deseos de su clan. Entre Hakase y Mahiro hay un trato en el que Hakase ayudara a Mahiro a encontrar a los culpables de la tragedia de su hermana. Y Mahiro, con la ayuda de Yoshino, detendrán al clan Kusaribe, que pretende despertar el "árbol del éxodo" que traerá consigo la destrucción al mundo.